Borobudur terutama terdiri dari tiga bagian yakni: fondasi candi, badan candi dan puncak candi; fondasi candi bertengger di sebuah dudukan berbentuk bunga lotus raksasa, pada dindingnya terukir relief yang masing-masing mewakili pemandangan taraf alam tiga dunia ajaran agama Buddha, Kamadhatu Rupadhatu dan Arupadhatu. Di dalam Kamadhatu manusia tak dapat melepaskan dirinya dari berbagai nafsu keinginan dan kegelisahan dimana masih eksis dunia surga/kenikmatan, dunia manusia ‘yang berakal budi’, dunia asyura/angkara murka, dunia margasatwa/nafsu hewani, dunia kelaparan/keserakahan, dunia kesengsaraan/penderitaan; di dalam dunia Rupadatu, manusia telah melepas segala nafsu dan telah mengurangi banyak aneka kegelisahan, tetapi masih eksis bentuk; sesampainya di Arupadhatu, kegelisahan meski masih eksis, tetapi bentuk tak terlihat lagi.Borobudur memiliki 4 pintu masuk pada empat sisinya, pintu-pintu tersebut dijaga oleh 32 singa-batu. Pintu masuk utama terletak di timur, cerita relief juga dimulai dari titik tersebut. Setiap tingkat juga mewakili sebuah taraf alam kultivasi, dimulai dari tingkat terbawah yang mewakili dunia Kamadhatu, relief di sekitarnya melukiskan norma-norma moralitas di dunia, mempropagandakan siklus sebab-akibat, reinkarnasi, melukiskan penderitaan neraka dan kebahagiaan jalan ke surga serta fragmen kehidupan; kemudian pada lantai/terrace pertama tentang kelahiran sang Buddha dan kisah perjalanan hidupnya, selanjutnya adalah sejumlah plot dari dalam kitab Buddha tertera pada beberapa lantai/terrace. Berjalan menyusuri galeri pada lantai terbawah bertahap menuju ke atas, bagaikan perjalanan dari dunia fana melangkah ke dunia Sukhavati (kebahagiaan absolut). Para penganut melangkahkan kakinya sambil menyimak berbagai sudut pandang/taraf alam setelah berhasil dalam pelepasan keterikatan di dalam perjalanan kultivasinya, sang arsitek berharap relief-relief itu bisa menuntun manusia dalam memperoleh hikmah pencerahan, setelah melihat ribuan relief yang terpampang, melepas belenggu dunia fana, tibalah di titik pusat, berupa stupa besar yang melambangkan sang Buddha, keadaan tiba-tiba berubah terbuka-lepas, bentuk candi dari persegi menjadi 3 tingkat platform/terrace bulat dan di atasnya terdapat 72 buah stupa, bagaikan bintang-bintang yang mengerumuni rembulan berupa stupa besar di titik sentral.
Patung Buddha di puncak Borobudur dan stupa sarira
Bentuk bujur sangkar dengan ukiran yang detil dan halus di dunia Rupadhatu, di dunia Arupadhatu telah berubah menjadi bentuk bulat yang tak berhias, ini melambangkan orang-orang yang semula terikat dengan nafsu dan rupa dari dunia Rupadhatu telah berhasil menyeberang ke dunia Arupadhatu. Selain cerita tentang alam semesta dari agama Buddha yang terpahat di atas batu, Borobudur juga mempunyai sejumlah patung Buddha dengan posisi tegap duduk bersila-ganda di atas dudukan berbentuk bunga lotus, mereka tersebar di badan candi berbentuk bujur sangkar sebanyak 5 lantai dari (dunia Rupadhatu) dan 3 lapis lantai berbentuk bulat di puncak stupa yakni dunia Arupadhatu. Masing-masing patung Buddha di badan candi tersebut disemayamkan di dalam cekukan dinding, mengelilingi sisi luar pagar, seiring dengan luasan yang semakin menyempit, jumlah patung Buddha juga semakin berkurang. Patung-patung tersebut dilihat sekilas berbentuk sama, namun posisi mudra (simpul-tangan) mereka ternyata berlainan. Patung Buddha di badan candi dan di puncak candi total berjumlah 504 buah, 300 diantaranya rusak sebagian (kebanyakan hilang kepalanya), sedangkan sebanyak 43 buah hilang tak berbekas.Imbalan Sebab Akibat Mengingatkan Manusia Di Bumi
Fondasi candi adalah sebuah bangunan berbentuk bujur sangkar dengan panjang 123 m dan tinggi 4 m, pada 1885 di bawah fondasi candi telah ditemukan sebuah relief tersembunyi, 160 diantaranya adalah relief yang melukiskan realita dunia fana (Kamadhatu), relief mengisahkan kehidupan riel orang zaman dahulu, ada tentara, pemijat, anak kecil, wanita, pendoa dan melukiskan imbalan hukum sebab akibat agama Buddha, di antaranya terdapat sebuah relief yang menggambarkan orang yang tidak menjaga perkataannya, dimana-mana mencipta gossip tak terasa telah berbuat dosa, mulut orang-orang tersebut ditonjolkan dengan cara penyajian hiperbol, guna mengingatkan manusia agar berkultivasi mulut dan mengakumulasi kebajikan.
Puncak candi berjarak 35 m dari atas tanah, dibentuk oleh massa silindris dengan titik poros sama dan berjumlah 3 tingkat, pada setiap tingkat didirikan satu lapis stupa yang berlubang-lubang, patung Buddha diletakkan di dalam stupa sarira berbentuk lonceng, konon apabila dapat menyentuh patung di dalam stupa tersebut bisa mendatangkan rezeki, maka itu para turis acapkali melalui lubang tersebut berusaha menyentuh patung Buddha memohon berkah (dikatakan cara menyentuhnyapun tidak sama untuk pria dan wanita, jika tidak, tak akan efektif).
